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코스 개요
I. 서론 및 서론
1. 개요
- R을 보다 친근하게 만들기, R 및 사용 가능한 GUI
- 알스튜디오
- 관련 소프트웨어 및 문서
- R과 통계
- R을 대화형으로 사용하기
- 소개 세션
- 기능 및 특징에 대한 도움말 받기
- R 명령어, 대소문자 구분 등
- 이전 명령의 회수 및 수정
- 파일에서 명령 실행 또는 출력 전환
- 데이터 영구성 및 객체 제거
- Good 프로그래밍 연습: 독립형 스크립트, 좋은 가독성 예: 구조화된 스크립트, 문서, 마크다운
- 패키지 설치; CRAN 및 Bioconductor
2. 데이터 읽기
- Txt 파일(read.delim)
- CSV 파일
3. 간단한 조작; 숫자와 벡터 + 배열
- 벡터와 할당
- 벡터 산술
- 정기적인 시퀀스 생성
- 논리 벡터
- 누락된 값
- 문자 벡터
- 인덱스 벡터; 데이터 세트의 하위 세트 선택 및 수정
- 배열
- 배열 인덱싱. 배열의 하위 섹션
- 인덱스 매트릭스
- array() 함수 + 배열에 대한 간단한 연산(예: 곱셈, 전치)
- 다른 유형의 객체
4. 리스트와 데이터 프레임
- 기울기
- 목록 구성 및 수정
- 목록 연결
- 데이터 프레임
- 데이터 프레임 만들기
- 데이터 프레임 작업
- 임의의 목록 첨부
- 검색 경로 관리
5. 데이터 조작
- 관찰 및 변수 선택, 하위 설정
- 필터링, 그룹화
- 재코딩, 변형
- 집계, 데이터 세트 결합
- 분할 행렬 형성, cbind() 및 rbind()
- 배열을 사용한 연결 함수 ()
- 문자 조작, stringr 패키지
- grep과 regexpr에 대한 간단한 소개
6. 데이터 읽기에 대한 추가 정보
- XLS, XLSX 파일
- readr 및 readxl 패키지
- SPSS, SAS, Stata,… 및 기타 형식의 데이터
- 데이터를 txt, csv 및 기타 형식으로 내보내기
6. 그룹화, 루프 및 조건 실행
- 그룹화된 표현
- 제어문
- 조건 실행: if 문
- 반복 실행: for 루프, repeat 및 while
- apply, lapply, sapply, tapply 소개
7. 기능
- 함수 생성
- 선택 인수 및 기본값
- 가변 개수의 인수
- 범위와 그 결과
8. R에서의 간단한 그래픽
- 그래프 만들기
- 밀도 플롯
- 점 플롯
- 막대 그래프
- 선형 차트
- 파이 차트
- 상자 그림
- 산점도
- 플롯 결합
II. R에서의 통계 분석
1. 확률 분포
- 통계 표의 집합으로서의 R
- 데이터 집합의 분포를 조사하다
2. 가설 검정
- 모집단 평균에 대한 테스트
- 우도비 검정
- 1개 및 2개 샘플 테스트
- 카이제곱 Go적합도 검정
- 콜모고로프-스미르노프 1-샘플 통계
- 윌콕슨 부호 순위 테스트
- 2-샘플 테스트
- 윌콕슨 순위 합 검정
- 맨-휘트니 테스트
- 콜모고로프-스미르노프 테스트
3. 가설의 다중 검정
- 1종 오류와 FDR
- ROC 곡선 및 AUC
- 다중 테스트 절차(BH, Bonferroni 등)
4. 선형 회귀 모델
- 모델 정보 추출을 위한 일반 함수
- 적합 모델 업데이트
- 일반화 선형 모델
- 가족
- glm() 함수
- 분류
- 로지스틱 회귀
- 선형 판별 분석
- 비지도 학습
- 주성분 분석
- 클러스터링 방법(k-means, hierarchical clustering, k-medoids)
5. 생존 분석(생존 패키지)
- r의 생존 객체
- Kaplan-Meier 추정, log-rank 검정, 모수 회귀
- 자신감 밴드
- 검열(간격 검열) 데이터 분석
- Cox PH 모델, 상수 공변량
- Cox PH 모델, 시간 종속 공변량
- 시뮬레이션: 모델 비교(회귀 모델 비교)
6. 분산 분석
- 일원배치 분산분석
- ANOVA의 이원 분류
- 마노바
III. 생물정보학에서 해결된 문제
- limma 패키지에 대한 간략한 소개
- 마이크로어레이 데이터 분석 워크플로
- GEO에서 데이터 다운로드: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
- 데이터 처리(QC, 정규화, 차등 표현)
- 화산 플롯
- 고객 사례 + 히트맵
28 시간
회원 평가 (5)
1일과 2일은 저에게 매우 명확했고, 그 경험을 정말 즐겼습니다.
Mareca Sithole - Africa Health Research Institute
코스 - R Fundamentals
기계 번역됨
저는 실제로 손을 넘기는 연습을 매우 즐겼습니다.
Yunfa Zhu - Environmental and Climate Change Canada
코스 - Foundation R
기계 번역됨
속도가 적절하고 편안한 분위기는 지원자들이 질문을 하기 쉽게 만들었습니다.
Rhian Hughes - Public Health Wales NHS Trust
코스 - Introduction to Data Visualization with Tidyverse and R
기계 번역됨
해당 사항이 체계적으로 잘 제시되었습니다.
Marylin Houle - Ivanhoe Cambridge
코스 - Introduction to R with Time Series Analysis
기계 번역됨
Michael the trainer is very knowledgeable and skillful about the subject of Big Data and R. He is very flexible and quickly customize the training meeting clients' need. He is also very capable to solve technical and subject matter problems on the go. Fantastic and professional training!.
Xiaoyuan Geng - Ottawa Research and Development Center, Science Technology Branch, Agriculture and Agri-Food Canada
코스 - Programming with Big Data in R
기계 번역됨