미생물 유전체학 및 메타 유전체학 입문 교육 과정

미생물 유전체학 및 메타게놈학 개요

• 미생물 유전체학 및 메타게놈학 개요
• 시퀀싱 기술 및 일반적인 연구 설계
• 주요 파일 형식 및 데이터 구성

품질 관리 및 사전 처리

• 읽기 품질 평가 및 트리밍
• 호스트 제거 및 오염 검출
• 읽기 정규화 및 이후 고려 사항

분류학적 프로파일링 접근법

• MetaPhlAn을 이용한 마커 기반 프로파일링
• Kraken2와 Bracken을 이용한 k-mer 및 분류 방법
• 프로파일링 출력 비교 및 시각화

메타게놈 조립 및 분할 (개요)

• 조립 전략 및 SPAdes 사용법
• 컨티그 분할 개념 및 일반적인 도구 (간략히)
• 조립 품질 및 완전성 평가

유전체 주석 및 MLST

• Prokka를 이용한 유전체 주석
• MLST 수행 및 시퀀스 유형 해석
• 결과 공유를 위한 보고서 생성

SNP 호출 및 계통학

• Snippy를 이용한 매핑 기반 SNP 호출 워크플로우
• IQ-TREE를 이용한 계통수 구축
• iTOL을 이용한 트리 시각화 및 해석

항생제 내성 및 기능 프로파일링

• AMRFinderPlus, CARD, ResFinder를 이용한 AMR 유전자 탐지
• 기능 프로파일링 및 경로 요약
• 내성 및 기능 주석 보고

재현 가능한 워크플로우 및 최선의 방법

• 재현성을 위한 Conda, Docker, 파이프라인 템플릿 사용
• 데이터 관리, 메타데이터 표준, FAIR 원칙
• 클라우드 리소스 및 노트북을 통한 분석 확장

사례 연구 및 실습

• 원시 읽기에서 분류 표까지의 16S/18S 앰플리콘 분석
• 샘플 간 메타게놈 프로파일링 및 비교 분석
• 유전체 조립, 주석, SNP 계통학 및 AMR 보고

요약 및 다음 단계