Course Outline

I. 소개 및 사전 준비

1. 개요

    R을 더욱 친숙하고 R 및 사용 가능하게 만들기 GUI Rstudio 관련 소프트웨어 및 문서 R 및 통계 R을 대화식으로 사용하기 입문 세션 기능 및 특징에 대한 도움말 보기 R 명령, 대소문자 구분 등에 대한 이전 명령 호출 및 수정 명령 실행 또는 출력 전환 파일 데이터 영속성 및 개체 제거 Good 프로그래밍 실습: 자체 포함 스크립트, 우수한 가독성(예: 구조화된 스크립트, 문서, 마크다운 설치 패키지); CRAN 및 바이오컨덕터

2. 데이터 읽기

    Txt 파일(read.delim) CSV 파일

3. 단순한 조작 숫자와 벡터 + 배열

    벡터 및 할당 벡터 산술 일반 시퀀스 생성 논리 벡터 누락된 값 문자 벡터 인덱스 벡터; 데이터 세트의 하위 세트 선택 및 수정
배열 인덱싱. 배열의 하위 섹션
  • 인덱스 행렬
  • array() 함수 + 배열에 대한 간단한 연산(예: 곱셈, 전치)
  • 다른 유형의 객체
  • 4. 목록과 데이터 프레임
  • 목록 목록 구성 및 수정 목록 연결

      데이터 프레임 데이터 프레임 만들기
    데이터 프레임 작업
  • 임의의 목록 첨부
  • 검색 경로 관리
  • 5. 데이터 조작
  • 관찰 및 변수 선택, 하위 설정 필터링, 그룹화 기록, 변환 집계, 데이터 세트 결합 분할 행렬 형성, cbind() 및 rbind() 배열을 사용한 연결 함수 () 문자 조작, stringr 패키지 grep 및 regexpr에 대한 간략한 소개
  • 6. 데이터 읽기에 대한 추가 정보

      XLS, XLSX 파일 판독기 및 readxl 패키지 SPSS, SAS, Stata,… 및 기타 형식 데이터 txt, csv 및 기타 형식으로 데이터 내보내기

    6. 그룹화, 루프 및 조건부 실행

      그룹화된 표현식 제어 문 조건부 실행: if 문 반복 실행: for 루프, 반복 및 while Apply, lapply, sapply, tapply 소개

    7. 기능

      함수 생성 선택적 인수 및 기본값 가변 개수의 인수 범위 및 결과

    8. R의 간단한 그래픽

      그래프 만들기 밀도 도표 점 도표 막대 도표 꺾은선형 차트 원형 차트 상자 도표 산점도 도표 결합

    II. R의 통계 분석

      1. 확률분포

    통계표 집합으로서의 R 데이터 집합의 분포 조사

    2. 가설 검증

      모집단 평균 우도비 검정에 대한 검정 1-표본 및 2-표본 검정 카이제곱Go 적합도 검정 Kolmogorov-Smirnov 1-표본 통계 Wilcoxon 부호 순위 검정 2-표본 검정 Wilcoxon 순위 합계 검정 Mann-Whitney Kolmogorov-Smirnov 테스트 테스트

    3. 가설의 다중 검정

      유형 I 오류 및 FDR ROC 곡선 및 AUC 다중 테스트 절차(BH, Bonferroni 등)

    4. 선형 회귀 모델

      모델 정보 추출을 위한 일반 함수 적합 모델 업데이트 일반화 선형 모델 패밀리 glm() 함수

    분류 로지스틱 회귀

      선형 판별 분석
    비지도 학습 주성분 분석
  • 클러스터링 방법(k-평균, 계층적 클러스터링, k-medoids)
  • 5. 생존분석(생존패키지)
  • r Kaplan-Meier 추정의 생존 개체, 로그 순위 검정, 모수 회귀 신뢰도 대역 중도절단(간격 중도절단) 데이터 분석 Cox PH 모델, 상수 공변량 Cox PH 모델, 시간 종속 공변량 시뮬레이션: 모델 비교(회귀 모델 비교)
  • 6. 분산분석
  • 일원 분산 분석(One-Way ANOVA) 분산 분석(ANOVA MANOVA)의 양방향 분류
  • III. 생물정보학의 문제

      리마 패키지에 대한 간략한 소개 마이크로어레이 데이터 분석 워크플로 GEO에서 데이터 다운로드: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397 데이터 처리(QC, 정규화, 미분 표현) 화산 플롯 커스터링 예제 + 히트맵
     28 Hours

    Number of participants



    Price per participant

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